Cuando el informe anual se presenta vía telemática, ¿Es necesario enviar a la administración competente el justificante, que emite la propia aplicación,de haberlo presentado?

Depende de la Comunidad Autónoma. En el caso de Castilla y León hay que remitir a la  Dirección General de Transportes  el docmento de justificación de la presentación telemática del informe.